神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。

兔子经过艰苦奋斗，终于排除万难建立了新的种花家。然而兔子饱受鹰酱、大熊的孤立，不得已和单纯的河马们交了朋友。在兔子的经济、军事援助下，以坦黑叔为代表的河马实现了军事上的长足发展，兔子也终于在第三世界立稳脚跟。与此同时，兔子和毛熊的关系不断恶化，双方在珍宝岛爆发了武装冲突。没有永远的朋友，只有永远的利益。曾经视为寇雠的兔子与鹰酱相互试探，最终建交。为了遏制毛熊的势力，鹰酱协助种花家重返联合国，并给予了极大了武器输出支持。

故事发生在原本美丽和平的魔仙世界中，现在，这里已经很久很久没有传出过音乐声了。魔仙女王姬丝美莎的童年玩伴美乐蒂失踪了，也许消失的音乐和美乐蒂的失踪有着千丝万缕的关联。姬丝美莎派出了魔仙堡的小蓝，还有双子星公主贝贝以及美琪、美雪等人来到人间寻找最美丽的音乐“梦幻协奏曲”，同时答应美乐蒂的情报。

为了逮捕宇宙罪犯（天才科学家）畸咕，银河警备队队长青龙一路追捕，但是在和畸咕战斗过程中掉入陷阱，误打误撞来到了地球。在地球上，青龙结识了善良、正义的小男孩天翼。不料畸咕也跟随着来到地球，在发现地球有丰富的物种资源之后决定改造地球生物成为他自己的军队。为了阻止畸咕侵略地球的计划，青龙、天翼和他们的伙伴们踏上了维护地球和平的全新征程。

平淡无趣的卫生间里迎来了一群疯狂可爱的新伙伴，他们是洗脸台、水龙头、抽水马桶、花洒以及淋浴房。洗脸台成熟、稳重、极富使命感，在他看来，人生最重要的事情就是维持卫浴间的清洁和卫生。水龙头是个活泼好动的小男生，他酷爱冒险，总是幻想自己置身在一场伟大的冒险之中。抽水马桶是个欢脱的吹牛大王，不过他可不是什么大坏蛋，他的梦想是成为一名脱口秀主持人。花洒内向、腼腆，她的梦想是成为一名优雅的芭蕾舞演员。淋浴房是一台高智能淋浴沐浴系统，与其它卫浴伙伴相比，他的理性似乎让他显得有些不太合群，但关键时刻也恰恰是他的理性与分析，大家才能从麻烦中脱身而出。就是这样一个小小的卫生间，因为有了这群伙伴们的加入，随时都会发生很多有趣好玩的事情，一出出疯狂戏码正在精彩上演。

小蓝（雨婷儿 饰）的生日快到了，魔仙女王决定送给她一个非常珍贵的音乐盒。魔仙女王告诉小蓝，这个音乐盒里有一枚拥有强大魔力的宝石，这颗宝石能够在关键时刻帮助小蓝、美琪（赵今麦 饰）和美雪（刘黛希 饰）化险为夷。

本季讲述了赛尔号在得到无尽能源后，踏上回地球的归途完成使命；不料却因为遇到三巨头的阻碍，失控的赛尔号意外误入了传说中恐怖的巴斯星。在危机四伏的巴斯星上，挥之不去的阴霾，述说着龙族的往事，精灵帕罗狄亚以及哈莫雷特的种种恩怨……不过所有人努力下，帕罗狄亚与哈莫雷特这对好友最后得以重归于好。战神联盟全新集结加入新成员缪斯。当赛尔号抵达恶魔星后，得知星灵王为守护恶魔星牺牲，恶灵三巨头却将恶灵兽再次放出，为此星际探险员赛小息、阿铁打、卡璐璐踏上冒险征程，与冰火星球守护神协助小优守护恶魔星！最终，凭借小优觉醒，与米瑞斯大战恶灵兽超进化邪冥兽，最终与无尽能源为代价化解恶魔星危机！同时在魔神星上，从被净化艾里克口中得知另一颗无尽能源去向。