辅仁大学的吴海有一颗报国之心，却因为公子哥的秉性而被“青年抗日救国团”排斥。被拒绝的他，只身回到了家乡吴镇，想凭一己之力实现抗日救国的抱负。机缘巧合下，他救下了青梅竹马的李草儿，并想通过李草儿加入李铁汉的游击队。岂料，事与愿违的他因为父亲和李铁汉之间的深仇，不被信任而被赶出了游击队。

《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。