黑魔蝶消失之后，新的周期开始了。奇迹少女和黑猫罗尔必须面对一个全新的敌人——神秘，令人担忧，难以捉摸，但离他们很近。非常近，但他们不知道。马丽娜和艾俊也从来没有这么亲密过！但这并不一定使他们的日常生活变得美好，因为他们彼此保守着自己的秘密，最大的秘密就是他们仍然不知道对方就是奇迹少女和黑猫罗尔。在一个崭新的堪称模范的绿色巴黎，在一个崭新的充满革命性的学校的中心，英雄们将经历一个充满情感和启示的学年。

一种神秘的力量在试图操控时间，时间公主时希召集了颜爵、冰公主、白光莹、庞尊一同来到四时钟商议对策。可是匆匆赶来的众人却发现时希不知所踪。正当众人狐疑之际，四时钟再次发生异动，神秘男子时渊现身并向众人发起攻击，将所有人卷入混乱的时空漩涡之中……