《神秘博士》第13季宣布开拍。运作人Chris Chibnall透露新季将缩短为8集，因为该剧拍摄的复杂性，在新冠疫情下拍每一集所需的时间延长了，“不过《神秘博士》的雄心、幽默、乐趣和惊吓是不会少的。如今对全世界来说充满考验，但博士从不逃避挑战”。

在本季中，闪电侠巴里·艾伦(格兰特·古斯汀 Grant Gustin 饰)必须设法找到能恢复神速力的方法，以便于解决二代镜像大师伊娃·麦克洛奇(伊芙雷特·多 Efrat Dor 饰)所造成的威胁。而与此同时，巴里也会时不时看到自己此前消失的女儿诺拉(杰西卡·帕克·肯尼迪 Jessica Parker Kennedy 饰)的身影，让他开始担忧神速(卡兰·奥伯莱 Karan Oberoi 饰)是否有威胁到未来时间线的稳定。

当凯特·凯恩被推定死亡时，蝙蝠女侠的衣钵被传给了一位年轻女子瑞安·怀尔德(贾维西亚·莱斯利 Javicia Leslie 饰)，而她则用它来为杀害她养母的凶手报仇。而在另一边，假面社团的领导者罗曼·西恩尼斯(彼得·奥特布里奇 Peter Outerbridge 饰)则试图通过展开一场混乱来夺取哥谭市的掌控权。

该剧讲述一次外星人的攻击让地球上的人类几乎消灭殆尽，只有少数人类还在为生存而战。艾米丽(埃德加-琼斯饰)发现她能与外星人产生奇怪的个人联系。在第二季中，入侵者是人类的可能性弄得所有人晕头转向，等待他们的是一场夺回地球的紧

在发现自己的乘波号被另一艘乘波号给摧毁之后，传奇们被迫困在1925年的美国，为了重返回现代，莎拉(凯蒂·洛茨 Caity Lotz 饰)决定他们必须找到时间旅行的奠基人格温·戴维斯博士(马特·瑞安 Matt Ryan 饰)。而当初被消除记忆并送回原本时代的毕晓普(拉菲·巴索米安 Raffi Barsoumian 饰)，却开始产生了断断续续的记忆闪回，于是决定对从乘波号上偷偷复制出来的吉迪恩AI进行重置，以便于了解当初纠结发生了什么。

巴巴·沃斯（杰森·莫玛 饰）努力与家人团聚。他疏远的兄弟伊多（戴夫·巴蒂斯塔 饰）抓住了巴巴的女儿哈尼瓦，并发誓要报复他的兄弟。与此同时，巴耶王国和特里凡提亚共和国之间的战争威胁迫在眉睫，这将巴巴和他的家人直接拖入了冲突的中心。

曹承佑饰演天才工程师主角，人称国民英雄，由于无法置信哥哥的死亡而开始调查世界中隐藏身份的存在而陷入危险。朴信惠饰演在另一个军阀割据的世界中的最强战士，为保护主角不畏艰难的来到另一世界。